1. 综合处：
（1）科研项目招投标、横/纵向科研合同、科研外协合同的审定，各类科研项目到款及外协转款的办理；
（2）中央高校基本科研业务费科研项目的组织申报、评审、立项与管理；
（3）各类学会兼职审批、科协项目申报管理、印章管理等其他综合事务。
2. 基地与成果处：
（1）国家和省部级科研基地、重大基础设施的布局、组织、申请与建设；
（2）国家、省部、厅局级科学技术奖及其他各类科技成果奖的组织、推荐与管理；科技成果鉴定；
（3）知识产权、申请、管理和科技成果转化；
（4）科技人才项目的组织申报和日常管理。
3. 专项与科技开发处：
（1）国家重点研发计划、国家科技重大专项项目的组织、申报与管理；
（2）国家及其他部委项目的组织、申报与管理；
（3）重大专项的组织、申报与管理；
（4）各类校企合作协议的洽谈、签订，科研项目争取。
4. 基础与海外合作处：
（1）国家自然科学基金项目的组织、申报与管理；
（2）省、市科研项目的组织、申报与管理；
（3）国际科技合作项目的组织、申报与管理。
5. 军工处：
（1）各类国防军工项目的组织、申报与管理，与军工集团、军工科研院所的合作协议洽谈、签订；
（2）各类军工科研基地的布局、组织建设与管理；
（3）各类军工科研项目的招投标、横/纵向科研合同、科研外协合同的审定及科研项目到款办理；
（4）国防报告和国防专利审核。
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